Nato come “Museo del Po", avendo proprio il grande fiume fornito molti dei suoi materiali, archeologici e fossili, di notevole interesse scientifico, il Museo naturalistico ha man mano ampliato i suoi orizzonti fino a rappresentare e a testimoniare l’ambiente naturalistico dell’intero Oltrepò pavese. Il primo settore è quello dedicato alla Geologia. Minerali e rocce tipiche del territorio ed alcune particolarità litologiche, settarie e cristalli, oltre alle tracce d'oro del Po, reperite nella ghiaia e nella sabbia del fiume, trovano spazio nelle sale espositive.

All’interno del museo è presente anche un piccolo settore dedicato all'Antropologia: resti umani e fossili di mammiferi risalenti al Paleolitico ed al Neolitico. Ampio ed accurato è il settore dedicato alla Paleontologia, che propone i resti di molti dei mammiferi vissuti nel Pleistocene e rinvenuti nel Po. E' presente anche la sezione dedicata agli Antotrofi, che conserva, tra l'altro, le specie legnose dell’Oltrepò, e la parte degli Eterotrofi, con le principali specie animali che abitano il territorio del Po: degne di nota le collezioni di farfalle diurne e di chiocciole, conservate nel museo. Interessante è l’area espositiva dedicata agli insetti ed alla loro interazione con l’uomo, con particolare riferimento alle api ed al baco da seta. In un’area piuttosto ampia sono ricostruite diverse situazioni ambientali, e climatiche