Il Museo Archeologico si trova all'interno del Castello Visconteo, come gli altri Musei Civici di Pavia e raccoglie reperti provenienti per lo più da rinvenimenti fortuiti fatti durante lavori in città.

La sala I è dedicata al territorio dell'antica Pavia romana, con un'interessante ricostruzione dell'area sepolcrale di Casteggio.

La sala seguente contiene la collezione egizia donata dal marchese Malaspina di Sannazzaro, circa 150 oggetti vari come canopi e amuleti, ma anche bronzetti e papiri.

Nella sala II sono esposti anche i vetri di età romana, di cui il Museo vanta la raccolta più importante per il nord Italia, ed una testa femminile in marmo che rappresenta forse Artemide. Le sale III e IV ospitano invece testimonianze locali di ogni tipo.

Dopo il percorso del Museo Archeologico si incontra la Sala Longobarda. Questa sala conserva, come dice il suo nome, reperti longobardi, a testimonianza dello splendore raggiunto dalla città di Pavia in epoca longobarda.

Tra i reperti più interessanti si trova la lastra tombale di un nobile di stirpe romana, una delle migliori testimonianze scultoree dell'VIII secolo.